1. TORZIJA
Tumor se lahko zasuka okoli svojega pedikla le, če je ta dovolj dolg in tumor ni fiksiran na druge strukture. Veliki tumorji se le redko torzirajo, ker nimajo prostora v katerem bi se lahko gibali. Ta komplikacija je posebej pogosta pri dermoidnih cistah in fibromatomih, lahko pa se pojavi pri vseh tumorjih zmerne velikosti, ki niso fiskirani.
Vzrok torzije pogosto ni jasen. Lahko jo sproži kak nenavaden gib, lahko nastane v spanju ali pa v nosečnosti oz. med porodom.
Zasuk tumorja okoli svojega peclja okludira najprej vene, kasneje pa aterije. V času venske okluzije, ko se arterijska preskrba še nadaljuje, se tumor napolni s krvjo ter postane podoben barvi slive. Lahko se pojavi krvavitev v lumen ciste, včasih intraperitonealno. Če tumorja ne tretiramo, bo ta postal nekrotičen.
Vedno je prisotna močna trebušna bolečina. Včasih ima počasen začetek, vendar večinoma torzije potekajo rapidno. Bolnik lahko bruha, redko je opazna krvavitev iz maternice. Bolnik lahko poroča o prejšnjih napadih podobne bolečine, ki verjetno nastane zaradi delnega zasuka ter kasnejše povrnitve tumorja v prvotno stanje.

2. RUPTURA
Spontana ruptura ovarijske ciste je možna. Popuščanje nastane zaradi nezadostne prekrvavitve nekega predela stene. Ruptura majhne ciste ponavadi ne povzroča težav, rupturo večje pa ponavadi spremljajo močna bolečina z bruhanjem ter lahko šokom. Diagnozo lahko postavimo s laparoskopijo oz. laparotomijo.
Ruptura ovarijske ciste je potencialno resna, kajti spontana ruptura se najpogosteje pojavi pri hitro rastečih tumorjih, ki so lahko maligni, ter tako povzroči tumorsko diseminacijo.
Travmatske rupture so redke, lahko pa se pojavijo pri udarcih v trebuh.

3. HEMORAGIJA
Včasih lahko nastane masivna krvavitev v ovarijsko cisto, posebno v maligne; pojavi se podobna bolečina kot pri torziji.

4. ZAGOZDITEV
V redkih primerih se lahko ovarijska cista zagozdi v pelvični votlini in povzroči retencijo urina. Ciste se ponavadi dvigajo iz pelvisa v abdomen, vandar pa nekatere maligne ciste, ki so postale adherentne, lahko povzročijo retenco urina.

5. OKUŽBA
Ta vrsta komplikacije je sicer neobičajna, toda cista je lahko vpletena v vsako lokalno vnetno dogajanje (apendicitis, divertikulitis, razširitev okužbe po splavu ali porodu, ...).

6. OSTALO
Ascites (fibromi in maligni serozni tumorji), pseudomixoma peritonei (razsoj mucinoznih tumorjev), endokrinopatije (hormonsko aktvini tumorji), ...