Hipotalamus je zelo pomembna možganska struktura in je del diencefalona. V širšem pomenu je zadolžen za homeostazo v našem telesu.
Hipotalamus prejema informacije o notranjem okolju in nanj lahko neposredno deluje.
Hipotalamus je tudi osrednja integrativna struktura med vegetativnim, hormonskim in pa tudi našim somatskim sistemom. Zato lahko hipotalamus poleg neposrednega vplivanja na homeostazo deluje tudi posredno.
Hipotalamus je torej pomemben center nadzora obnašanja organizma in s tem povezanimi vedenjskimi vzorci.
Omeniti gre tudi da je zraven hipotalamusa hipofiza, ki pogosto igra vlogo pri izvrševanju njegovih ukazov. Te pridejo preko humoralne (adenohipofiza) ali nevronske (nevrohipofiza) poti.
Termoregulacija je ena izmed glavnih vlog hipotalamusa.. Notranja temperatura organizma oziroma krvi se spremlja prek centralnih termo-receptivnih nevronov v anteriornem delu hipotalamusa. Sistem deluje po principu negativne povratne zanke iz izhodiščne točke pri normalni telesni temperaturi. Vsak signal, ki predstavlja odklon od te točke povzroči odgovor telesa oziroma hipotalamusa, katerega cilj je povratek temperature k izhodišču. Ta odgovor, ki ga sproža hipotalamus pa poteka prek avtonomnega, somatskega in endokrinega sistema. To pomeni da hipotalamus povzroči določen vzorec vedenja, ki omogoča ohranjanje oziroma povratek na stalno telesno temperaturo. Njen padec tako povzroči drgetanje, ki nastane z asinhronimi kontrakcijami mišic in s tem se poveča proizvodnja toplote. Poveča se tudi delovanje ščitnice in simpatičnega živčevja, ki povečata produkcijo toplote metabolično. Poleg tega hipotalamus preko povezav s kortikalnimi regijami sproži tudi somatski odgovor, spodbudi nas recimo da oblečemo bundo ali se umaknemo v toplejši prostor. V tem primeru je jasno vidna posredna in neposredna vloga hipotalamusa pri homeostazi.
Na podoben način je uravnavana regulacija vnosa hrane, vendar je tukaj prisotnih več izhodiščnih točk. Velikega pomena so gluko-receptorji v hipotalamusu, ki zaznajo koncentracijo glukoze v krvi in to informacijo uporabijo za kontrolo vnosa hrane. Najbolj so aktivni pri padcu ravni sladkorja v krvi.
V hipotalamusu nato obstaja center za hranjenje in center za sitost, ki med seboj delujeta recipročno. Center za hranjenje se nahaja v lateralnem hipotalamusu. Z električnim draženjem tega predela izzovemo povečano prehranjevalno vedenje nekega osebka. Njegovo nasprotje, center za sitost, pa je v ventro-medialnem jedru hipotalamusa. Z električno stimulacijo tega predela ustavimo oziroma zmanjšamo prehranjevalno vedenje.
Tudi pri regulaciji vnosa vode ima pomembno vlogo hipotalamus. Povezan je namreč z cirkumventrikularnimi organi, ki se nahajajo zraven njega in kateri vsebujejo številne osmoreceptorje. Zaradi tega, ker nimajo krvno-možganske bariere zaznavajo osmotski tlak v ekstracelularni tekočini. Tako v primeru hiperosmotske tekočine zaznajo, da v telesu primanjkuje vode in postanemo žejni.
Regulacija vode pa je uravnavana tudi z drugimi procesi na primer zaznavanjem volumna krvi ali pa suhostjo ust v kateri se nahajajo receptorji.
Hipotalamus pa kot smo že prej omenili sodeluje tudi pri motivaciji in čustvovanju. Lateralni del hipotalamusa je povezan z nadrejenim limbičnim sistemom ta pa je v veliki meri povezan z neokortikalnimi področji. Povezavo med limbični sistemom in hipotalamusom, imenujemo tudi Papezev krog, ki je ključen pri regulaciji čustvenega obnašanja in motivacije. Preko Papezevga kroga je hipotalamus namreč indirektno povezan z neokorteksom. Z električnim draženjem posameznih delov hipotalamusa lahko sprožimo različne oblike vedenja. Na primer draženje anteriornega dela hipotalamusa povzroči misli in emocije v povezavi s spolnostjo, saj se tam nahajajo centri povezani s spolnostjo. Prav tako se v hipotalamusu nahajajo centri za nagrajevanje. Ob stimulaciji teh predelov lahko sprožimo občutke zadovoljstva, optimizma, evforije in veselja. Ob stimulaciji nekaterih drugih predelov hipotalamusa lahko izzovemo prej omenjene potrebe po pitju ali prehranjevanju. Vidimo torej, da ima hipotalamus poleg prej predstavljenih regulacij ključno vlogo tudi pri čustvovanju in motivaciji.