Biokemija 1, vprašanja s spomladanskih rokov 2010

Prof. Rozman

kemijska vez
izomerija (konformacija, konfiguracija)-primer
titracijska krivulja Tyr (in zakaj se R obnaša kot kislina)
vplivi T, pH na encime, tut narisat graf in primer
sekundarna, primarna, terciarna struktura proteinov
kemijska kinetika (redi reakcij)
encimska kataliza
- prostaglandini in tromboksani (kaj so, kaj delajo, kak učinek imajo + da je arahidonska k. njihov prekurzor (v kako vrsto kislin spada: maščobne k.) primerjava z delovanjem steroidnih hormonov
- denaturacija in renaturacija (zaradi T, pH, kemični dejavniki itd.) + načini zvitja proteinov
predhodnica: vse o pufrih, predvsem bikarbonatni, Henderson-H. enačba
cAMP (struktura), prenos signalov, riboza, monosaharidi...
termodinamika: zakoni v povezavi z biokemijo, kateholamini, Hb, Mb (graf)...
Kompetitivna inhibicija (graf, kje jo najdeš..)
Prenos vodotopnih hormonov, struktura cAMP
Kemijska vez
- termodinamske funkcije, entalpija, entropija, prosta entalpija,
eksergonske, endergonske reakcije, v katerem primeru lahko iz
standardne proste entalpije sklepamo, kam bo v normalnih razmerah
tekla reakcija ...
- disaharidi, glikozidne vezi, kako se povezujejo, primera
disaharidov, struktura glukoze ...
- terciarna, kvartarna struktura, disulfidni mostički, cistein,
kvartarna struktura, ki jo stabilizirajo S-S mostički ...
vodikova vez, vse o njej, posledica anomalija, kje jo najdemo-dna,
alfa beta struktura, red velikosti, povezava s topnostjo
topnost plinov, henryjev zakon, kesonska bolezen, kako je z O2 in CO2
pri človeku
galvanski člen, Nernstova enačba in enačba ki povezuje prosto
entalpijo z napetostjo , primer
struktura celega NAD, poveš njegovo vlogo, poveš da je niacin aktivno
mesto, primer reakcije z NAD npr. aldehid + NAD v karboksilno kislino
in NADH + H
Na/K črpalka( sekundarni aktivni transport), kako deluje
distrofin, mišična distrofija
mehanizem encimsko katalizirane reakcije, narišeš graf, mal obrazložiš
znižanje bariere( induc. prilagajanje, sprostitev E zaradi tvorbe
šibkih vezi...)
kakšne katalize imamo, kislinko-bazična bolj podrobno
- Elektroliti , vse te enacbe pa povezave ( Kd,pKd, a,y, kaj je pogoj da je elektrolit mocen) aktivnost,aktivnosti koeficient ,stopnja disocijacije,segrevanje sibke kisline...
- van hoffov faktor, koligativne lastnostni...
- pufri (acetaten pufer,enacba ,delovanje,titracijska krivulija...)
- reakcijska hitrost(0 , 1 red.), ravnotezje...
- holesterol (struktura ) ,plazemski lipoprotein(hilomikroni,VLDL, LDL ,IDL,HDL) , zolcne kiseline (struktura- holna kislina, delovanje)
- disaharidi (vse strukture,O/N glikozidna vez ), laktozna intoleranca
- biogeni amini ( struktura -tirozin-tiroksin)
- encimska kinetika in inhibicija ,Kcat (enacbe,saturacijska krivulija)
- entropija,hidrofobne interakcije...
- nukleotidi ( struktura dusikove baze + ATP ,delovanje,sklopljene reakcije)

1.) Koligativne lastnosti šibkih in močnih elektrolitov (napisat sem
mogla reakcijo disociacije ocetne kisline, enačbo, ki povezuje "alfa"
in "i", pa povedat kaj pomeni "i" in "n" v tej enačbi, Ostwaldov zakon
razredčenja)
2.) Glukokortikoidi, formulo kortizola sem mogla narisat (pa ni
panike, če ni čist točno), kako deluje kortizol (v smislu, da je
steroidni hormon), za cinkove prste vpraša na katere AK se veže cink.

Rada ima formule (vsak je
narisal eno AK in potem te vpraša o njej, pa še holesterol, spolne
hormone, kortizol, aldosteron, ATP, cAMP), tudi grafe (pazite na
oznake osi), pa tudi kakšne enačbe

bikarbonatni pufer (reakcija, Hen-Hass enačba, zakaj je to dober
pufer...)
- formula ATP za narisat in opisat kere vezi so not v molekuli
- alfa vijačnica proteinov, kere vezi jo vzdržujejo (natačno kako
potekajo)
- vsak je moral narisat eno AK, kero si je zmisla in ga je malo
povprašala o tem (mene je histidin in se mogla povedat za pufer in
prenos kisika v hemu)
- redoks reakcije, vse v zvezi s potenciali, enačbe (Nernstonova!)
- distrofin (kje se nahaja, vloga, bolezen)
- keratini (en primer bolezni)
- encimi kot bolezenski markerji (zadnje predavanje)
- Hb, Mb, grafi, fetalni Hb (pomen), pozitivni, negativni alosterični
modulatorji
- lipidi na splošno, lipidni rafti (kaj je not: holesterol in
sfingolipidi)
- termodinamske funkcije stanje (G, H, S, Wn)
- raztaplanje plinov v krvi (hidrofobne interakcije)
kemijska vez, izomerija (primer konformacijske izomerije pri
lipidih?), vodikova vez, nernstova enačba (znat dobr razložit, kaj kaj
pomeni, pa od kje jo dobimo), topnost plinov, šibki vs močni
elektroliti, redi reakcij, hitrost rkc in vplivi nanjo.
Potem pa steroidni hormoni (na kaj jih razdelimo v grobem najprej!),
vodotopni hormoni (ampak ni blo treba prit dlje kot do niacina in
riboflavina (pa od riboflavina je niti ni cela struktura zlo zanimala
- podvprašanja: kaj so redukcijski ekvivalenti pri fad in kaj pri nad+
- enkrat H-atomi, enkrat H-ioni), hemoglobin vs mioglobin - krivulje
in princip delovanja, sfigolipidi (vedet, kako je sfingozin
sestavljen!), skoraj vsak kako AK narisat, Tyr-titracijska krivulja
(pazi! 3x odda proton), kaj so bisubstratne rkc, vidni cikel,
Michaelis-M. kinetika in kaki morjo bit encimi, da velja (neodvisna
aktivna mesta!), keratini, klasifikacija encimov, narisat graf
odvsinosti G od poteka rkc pri nekatalizirani rkc (pač en navaden
hribček) in iz tega razložit, kako vpliva na hitrost (velikost
"hribčka"), kaj lahko iz grafa sklepamo o spontanosti rkc in kaj od Kd
(povezava med G in lnK!).
zgradba in delovanje ABC in CFTR :S pa sklopljene
reakcije, nastanek ATP (s pomočjo kreatin fosfata; zakaj ne sme bit
hidroliza ATP najbolj endergonska rkc v organizmu).
-pufri
-II. struktura DNA
-razstapljanje plinov
-vpliv temperature na hitrost reakcije in na encimsko katalizirano reakcijo
-hemoglobin, mioglobin
-kaj vpliva na kostanto ravnotežja
-pH, titracije
- red reakcij
-lipidotopni vitamini, bolj podrobno vitamin D (delovanje) in A (vidni cikel)
-aromatske AK, posebnost tirozina
-cinkovi prsti
krvne skupine
heteroglikani
tRNA
Km in Ki(za inhibitor)
beljakovine(delitev po strukturi in vlogah)
redoks rkc+osidoredukcija,kinetika,lipidotopni vit. (vitamin c,,NAD
bol podrobno) keratini, cAMP, alosterčni modulatorji, koligatvne
last.,sklopljene rkc, žolčne kisline, sfingolipidi, ,peptidi+peptidna
vez(zakaj je rigidna-k je značaj delne dvojne vez,delokalizirani
elektroni)
vplivi na kemijsko ravnotežje (ravnotežna konstanta, odvisnost proste entalpije od K - graf)
- funkcionalne skupine (za vsako je treba narisat primer biomolekule)
- lastnosti nukleinskih kislin
- odvisnost hitrosti encimsko katalizirane reakcije od koncentracije substrata (graf, Michaelis-Mentelova enačba)
-pH, i, stopnja disociacije, šibki, močni elektroliti, Ka,..
-biogeni amini (kaj so, kako delujejo, primeri: histamin, serotonin, tiroksin, adrenalin, dopamin,...)
-triptofan (narisat, povezava z biogeni amini)
-vitamin C (narisat, vloga, kako se spremeni struktura vit. C v oksidoredukcijskih reakcijah)
-kolagen (struktura, kako nastane, vloga, kje ga najdemo,...)
-encimska aktivnost (katalize, lastnosti, km, kcat,...)
-raztapljanje plinov (in podrobno za razložit bikarbonatni pufer-zakaj ni dober pufer, če bi bil zaprt sistem)
-sekundarna struktura DNA (+narišeš en nukleotid, denaturacija)
-imunoglobulini
-vpliv temperature na encimsko katalizirano reakcijo (optimalno območje ni 37 stopinj:))
-estradiol
-elektroliti
-glicerofosfolipidi
-terciarna struktura proteinov
-imunoglobulini
rozmanova:
pufri, ph šibkih kislin
sekundarna struktura dna
holesterol (kako se prenaša -estri!) in žolčne kisline
encimska inhibicija




Prof. Zorko

Kemijsko ravnotežje
izomerija,
triacilgliceridi,
hitrost encimske reakcije,
metode karakterizacije proteinov
Voda
kisline in baze
lipoproteini
tag
encimi!
alosterični inhibitorji
heteroglikani
polipeptidi
koligativne lastnosti
oksidoredukcija
kortikosteroidi
zakon zvijanja proteinov in bolezni
Mutarotacija
Specificnost encimov
keratini
Mehanizem encimsko katalizirane reakcije
Maščobne kisline in prostaglandini
Mišični kontraktilni proteini
- Elektroliti (stopnja disociacije, ionska moč)
- Fosfogliceridi
- Ireverzibilna inhibicija (kako aspirin inhibira sintezo
prostaglandinov + narisat arahidonsko kislino pa obe obliki
prostaglandinov)
- Terciarna struktura proteinov (povezava s primarno, katere vezi med
katerimi a.k., narisat ene par aminokislin)

žolčne kisline
sklopljene reakcije
kolagen
strukturne značilnosti encimov

-peptidi
-vplivi na hitrost reakcije
-tRNA
-kompetitivna inhibicija
-vodne raztopine (raztapljanje soli...molalnost, molarnost, procentni delež)
-purinske in primidinske baze (struktura, vodikove vezi, tavtamerija gvanina)
-proteini kot pufri (histidin....)
-prostetične skupine, koencimi in aktivatorji (način povezave, funkcija vodotopni vitamini)
- voda (vodikove vezi, anomalija vode,...)
- mutarotacija
- primarna struktura nukleinskih kislin (tuki je baje zlo pomembno da poveš, da je osnovna gradbena enota nukleotid)
- specifičnost encimov
-Sfingolipidi (struktura poljubnega)
-vplivi na hitrost kem reakcij
-fizikalnokemijske lastnosti proteinou (tle me je uglavnm o denaturaciji/renaturaciji spraševal)
-poimenovanje encimou (važno da znaš unih 6 + njihova funkcija)
1.titracijske krivulje
2.polisaharidi
3.dihalna veriga(me ni uprasou:)
4.graf nekatalizirane in encimsko katalizirane
1. Molekularnost in red reakcije
2. Lipidotopni vitamini
3. Denaturacija proteinov
4. Encimi kot biokatalizatorji
1.Vplivi na kemično ravnotežje
-količina reaktantov in produktov, tlak, temperatura( narisati sem moral graf, kako se spreminja konstanta s temperaturo pri endotermnih in eksotermnih reakcijah), malo o konstanti ravnotežja

2. Nukleinske kisline
-kaj so in kako se skupj držijo, kaj je denaturacija in okoli katere T poteče, od čega je odvisna T denaturacije, absorbanca raztopine, skica grafa, ki prikazuje absorbanco

3.Funkcionalne skupine v biomolekulah
-to vprašanje je preskočil. Hehe

4.Malo o Michaelis-Mentenovi enačbi
-kako vpliva konc. substrata na hitrost reakcije, kdaj je reakcija prvega in kdaj nultega reda, zakaj merimo ravno Vo

1. tablica:
- red reakcij

2. tablica
- glicerofosfolipidi
- reverzibilni, ireverzibilni inhibitorji

3. tablica
- aminokisline
- prenašanje informacij z DNA

4. tablica
- kemijskio ravnotežje
- maščobne kisline in prostaglandini
- fizikalne in kemijske lastnosti DNA
- mehanizmi encimsko kataliziranih reakcij

5. tablica
- peptidi
- tRNA
1. termodinamske funkcije (me ni uprašu)
2. nukleozidi, nukleotidi
3. alosterični encimi
4. signaliziranje z lipidotopnimi hormoni

1. koligativne lastnosti
2. polinukleotidi
3. heteroglikani
4. alosterični encimi

- denaturacija beljakovin (katera struktura se poruši, kako poteka denaturacija, kaj je pomembno pri renaturaciji)
- lipidotopni vitamini (bolj podrobno o vit. D, strukture, kje se odpre obroč in kam se vežejo -OH skupine, kako deluje)
- red reakcij (grafi, nekaj formul)
- integralni membranski proteini

Prof. Komel:
NAD (struktura, kako deluje, napiši reakcijo)
- G-proteini
vodikova vez pri vodi (elektronegativnost, vloga pri DNA-razdalje in koti!)glukokortikoidi (predvsem kko delujejo)
inhibicija s povratno zanko, kompetitivna in nekompetitivna inhibicija (graf, Km..)
inzulin in njegov receptor
hialuronska kislina
- glukokortikoidi- narisat, kako delujejo, primerjava z
mineralokortikoidi (v strukturi)
- strukturne formule aminokislin! triptofan, metionin(+kaj je njegova
vloga)...
- Nernstova enačba, razložit mal, povezava z galvanskim členom
raultov zakon (enačba, graf-odstopanja od idealnih raztopin)
sialična k. - kater saharid je osnova zanjo, od kje pride kislinski
del (al neki takega?) - pol piruvat, mlečna k.
bisubstratne rkc
- serotonin (biogeni amin, iz česa nastane, kaj dela)
- vidni cikel
- penicilin (narisat!), gramm poz. in neg. bakterije
- vodikova vez (pa zraven vprašanja o elektronegativnosti itd.)
- celična stena bakterij
- kislinsko - bazna kataliza pri encimih (vrste, katere šibke kisline sodelujejo, kateri encim je pomemben, ...)
- vodikova vez (voda, DNA, proteini, jakost vezi)
- celična stena bakterij
- gram pozitivne/negativne bakterije
- bisubstratne reakcije
vodikova vez
citronska kislina, mlečna, piruvična
inhibicija s povratno zanko
krvne skupine
osmozni tlak
celična stena bakterij
hb - homo in heterotropični modulatorji, primerjava s mioglobinom

- perniciozna anemija in vitamin B12 (kaj je ta bolezen, struktura
vitamina (jst sem o podobnosti s hemom govorila), fajn je, da veš, s
čim tvori koordinativne vezi kobaltov ion, pa kdo ga prenaša)
-Henryev zakon (enačba+bolezni)
-inzulin (zgradba + vloga + njegovi receptorji)
-metionin (vloga + struktura)
-kislinsko-bazna kataliza
hialuronska kislina,
acetatni pufer,
inhibicija s povratno zvezo, nekompetitivno inhibicijo
-osmoza in osmotski tlak
glikogen- zgradba, kje in v kakšnih konc. se nahaja (jetra, mišice),
razgradnja glikogena- encimi v slini, tankem črevesu- vrste teh
encimov (3)
vidni cikel
laktozna intoleranca
-vidni cikel
-formule za narisat: citronska kislina, penicilin
-alosterični modulatorji Hb
-acetatni pufer
-serotonin (kako nastane!!!)
-adrenalin (kako nastane-vse vmesne faze)
-parni tlak, Raoultov zakon, graf!
-perniciozna anemija, vit. B12 (približno kako zgleda)
-laktoza in laktozna intoleranca
-glikogen
-celična stena bakterij, gram+,-
-sialična kislina (moreš znat narisat, kje se nahaja)
-osmoza
-kortikoidni hormoni (glukokortikoidi, funkcije, avtoimune bolezni formule itd)
-citronska kislina pa pol o Krebsovem ciklu na splošno
-pufri, acetatni pufer
-D3 vitamin
-vitamin B12, formula, bolezni itd.
-vitamin E, formula funkcije
-vodikova vez
-DNA, zgradba, bazni pari, mutacije
-bakterijska celična stena, gram +, gram -
-vidni cikel
-Henry zakon
-hialuronska kislina, vezi, encimki za razgradnjo, funkcija
-kislinsko-bazična kataliza
-osmoza, toničnost
-insulin, insulinski receptor
-fiziološka prednost kinetičnih lastnosti hemoglobina pred mioglobinom
-perniciozna anemija in struktura B12
- osmoza/toničnost
- glukokortikoidi + kako in na kaj delujejo / primerjava z
mineralokortikoidi
- alosterični modulatorji Hb
Methemoglobin(amija)
Pufri( kako jih nardimo, če ni ustrezen ph,...)
Serotonin
Metionin
kolagen (ak v kolagenu, sestavljanje)
adrenalin (nastanek, lastnosti)
parni tlak in osmoza (membrano morate uklont)
kortizol (učinek na periferna tkiva - anabolen, druge lastnosti, struktura)